Katakomby San Callisto jsou nejznámější z římských katakomb a první oficiální podzemní pohřební místo pro rané křesťany, včetně mnoha mučedníků druhého a třetího století.Pravděpodobně to byl Calixtus, který byl zodpovědný především za to, že se církev stala zákonným vlastníkem hřbitovů.Calixtus byl jmenován administrátorem hřbitova, který nese jeho jméno papeže Zephyrinuse.V roce 217 následoval Zephyrinus jako papež a o pět let později zemřel.

Výkopy odhalily pět různých úrovní lokulů, výklenků, kde byla těla zabalená do listů umístěna do úrovní.Otvory do lokusů byly uzavřeny deskami mramoru, ale ty už dávno zmizely, stejně jako jakékoli artefakty hodnoty.Hlavní atrakcí je papežská krypta s pozůstatky několika mučedních raných papežů.Nedaleko, se svými byzantskými freskami, je krychlem St. Cecilia, jehož tělo zde objevilo papež Paschal I a přestěhoval se do Santa Cecilia v Trastever.Na zdi mají další krytiny fresky a křesťanské symboly.V kryptě St. Eusebius je sarkofág obsahující dvě mumifikovaná těla.