Prvním jádrem vatikánských muzeí a galerií byla sbírka starověkých soch vytvořených Julesem druhým (1503-13).Myšlenka muzea byla vytvořena Clementem třináctého (1758-69), který založil profánní muzeum s pomocí Winckelmanna.Clementine zbožné muzeum bylo vytvořeno Clementem čtrnáctým (1769-74) a zbožný šestý (1775-99) a Muzeum Chiaramonti bylo zřízeno Canova v letech 1807-1810 pod zbožným sedmým.V roce 1822 bylo otevřeno nové křídlo.Etruské gregoriánské muzeum bylo otevřeno v roce 1837 a gregoriánské egyptské muzeum v roce 1839, profánní lateranské muzeum (nyní gregoriánské profánní muzeum) v roce 1844 a postupně zbožné křesťanské muzeum, to vše pod Gregory šestnáctým.V prvních desetiletích dvacátého století bylo zřízeno etnologické misionářské muzeum a veřejnost byla otevřena.V roce 1973 Paul šestý inauguruje historické muzeum a sbírku moderního náboženského umění.

Clementine zbožné muzeum -Shromažďuje exempláře starověkých soch, jako je Apollo of Belvedere (130-140 nl), Laocoon Group (první století nl), Apollo Sauroktonos aVenuše Cnydia, kolosální hlava Jupiteru.Obzvláště zajímavé jsou dva porfyry sarkofágy Constance a Saint Helen, dcera a matka Constantine.

Chiaramonti Museum - hostí několik římských soch, jako je socha Ganymede, kolosální hlava Atheny, portrét Tiberius, úleva se třemi milostmi (první století nl (první století nů).V Galleria Lapidaria je vystaveno mnoho pohanských a křesťanských nápisů a v novém křídle jsou vystaveny sochy, jako je zraněný Amazon, Spearman, Enormní socha Nilu a Augustus z Prima Porta.

etruscan gregoriánské muzeum -obsahuje několik zjištění přicházejících hlavně z vykopávek z devatenáctého století prováděné v jižní Etrurii, jako je Trousseau Regolini-Glassim Tomb.Výstava zahrnuje Sarcophagi a bohatou sbírku řeckých, italiot a etruských váz.Obzvláště zajímavá je dvojjazyčná hrobka Todi s dvojitým nápisem v Latině v Gallic (druhé století před naším letopočtem).

egyptské gregoriánské muzeum - vytvořil ho otec Ungarelli, jeden z prvních italských egyptologů, a sbírá řadu soch představujících božství nebo osobnosti královské rodiny, jako je matka, jako je matkaa sestra Ramsese Druhá, Sarcophagi, mumie a prvky pohřebního nábytku.Rekonstruovala se také dekorace sochy Serapeum ve Villa Adriana v Tivoli.

profánní gregoriánské muzeum - vykazuje řecké a římské sochy, jako jsou tři fragmenty Parthenonu v Aténách, hlava Atheny (460 př.nl), oltář Vicomagistri (první století (první stoletíAD) a dvě velká reliéfy představující příchod Vespasianin Řím a odchod Domitiana.Zahrnuje také sarkofági zdobené mytologickými předměty Skupina Atheny a Marsia vyniká z bronzových kopií.

křesťanské zbožné muzeum -shromažďuje materiály pocházející z vykopávek římských katakomb, několik sarkofági (třetí pěti století nl), z nichž jedna je kopie JuniusBassus a socha dobrého pastýře (třetí století nl).

etnologické misionářské muzeum - dokumentuje náboženské události a kulty jiných kontinentů.Zvláštní význam jsou aztécké sochy patnáctého století, indické sochy hinduistických bohů, rituální masky z Oceánie a Afriky.

Sbírka moderního náboženského umění - částečně zřízená v místnostech Borgia bytu, zdobená Pinturicchiem, vykazuje díla Rosai, Boccioni, Balla, de Chirico, Guttuso a aManzù.

Horní galerie - Galerie Candelabra shromažďuje archeologický materiál římského věku, jako je sochařská skupina Ganymede a orla (druhé století nl) a socha Artemis.Galerie tapisérií vykazuje tapiserie šestnáctého století vlámské a sedmnácté římské výroby.Galerie geografických map vykazuje 40 panelů věnovaných italskému území v letech 1580-83.

Vatikánská knihovna Museum - hostí několik svědectví posvátného umění: Síň Aldobrandini svatby s freskami římského věku, Hall of Papyri se zlacenými brýlemi raného křesťanského věku, Sistine Hall s freskami od Cesare Nebbia a další umělci, Pauline Halls, Alexandrine Hall a Clementine Gallery s náčrtky Bernini