Die Basilika von SS. Giovanni e Paolo steht über einem Komplex mit mehreren römischen Häusern aus verschiedenen Epochen. Nach der Überlieferung war dies die Wohnung von Johannes und Paulus, die beide das Martyrium erlitten hatten, weil sie bei ihrer Hinrichtung das Martyrium erlitten hatten (362 n. Chr.). Im dritten Jahrhundert nach Christus wurden diese verschiedenen Eigenschaften unter einem einzigen Eigentümer zusammengefasst und in ein elegantes, heidnisches Haus verwandelt, das von fein dekorierten Räumen geprägt ist.

Zu Beginn des vierten Jahrhunderts n. Chr. wurde das Haus zu einem Treffpunkt für die christliche Gemeinschaft der Gegend, und am Ende desselben Jahrhunderts wurde es zu einem Heiligtum. Hier kamen die Gläubigen und verehrten die Gräber der Märtyrer Einige Gebäudeteile wurden an die Bedürfnisse des Kultes angepasst und ein neuer Raum wurde geschaffen: Er hatte ein kleines Fenster (Fenestrella confessionis) und von hier aus konnten die Gläubigen die Gräber der Märtyrer sehen.

Die Wände dieses Raumes wurden mit einem Zyklus von Fresken aus der Mitte des vierten Jahrhunderts geschmückt. Im vierten Jahrhundert wurde die Kirche gebaut: Die oberen Etagen des Hauses wurden zerstört und das Erdgeschoss gefüllt, so dass die Räume erhalten bleiben konnten.