Die Katakomben von San Callisto sind die bekanntesten der römischen Katakomben und die erste offizielle unterirdische Begräbnisstätte für frühe Christen, darunter viele Märtyrer des zweiten und dritten Jahrhunderts. Es war wahrscheinlich Calixtus, der hauptsächlich dafür verantwortlich war, dass die Kirche der rechtmäßige Eigentümer der Friedhöfe wurde. Calixtus wurde von Papst Zephyrinus zum Verwalter des Friedhofs ernannt, der seinen Namen trägt. Im Jahr 217 übernahm er Zephyrinus als Papst und fünf Jahre später starb er.

Bei Ausgrabungen wurden fünf verschiedene Ebenen von Loculi entdeckt, Nischen, in denen die in Bahnen gehüllten Leichen in Reihen angeordnet wurden. Die Öffnungen zu den Loculi waren mit Marmorplatten verschlossen, aber diese sind ebenso wie Wertartefakte längst verschwunden. Eine Hauptattraktion ist die päpstliche Krypta mit den Überresten einiger Märtyrer der frühen Päpste. In der Nähe, mit byzantinischen Fresken, befindet sich das Kubikulum der hl. Cäcilie, dessen Leiche hier von Papst Paschal I. entdeckt und nach Trastever nach Santa Cecilia verlegt wurde. Andere Kabinen haben Fresken und an den Wänden geschnitzte christliche Symbole. In der Krypta von St. Eusebius befindet sich ein Sarkophag mit zwei mumifizierten Leichen.