Der archäologische Komplex unter der Basilika San Clemente liegt im Tal, das den Caelius-Berg vom Esquiline-Hügel trennt. Die derzeit sichtbaren Strukturen gehören zu zwei Gebäuden. Ersteres besteht aus einem Haus mit mindestens zwei Stockwerken, das zwischen dem Ende des ersten und dem Beginn des zweiten Jahrhunderts nach Christus errichtet wurde.

Der zentrale Raum des Hauses wurde zwischen dem Ende des zweiten und dem Beginn des dritten Jahrhunderts in ein Mithreum umgewandelt. Die Seitenwände des zentralen Raums des Heiligtums zeigen zwei lange Bänke, auf denen die Versammlung saß. Der Altar des Kultes befand sich am Ende einer Nische, in der Mithra mit seinen beiden Fackelhaltern Cautes und Cautopates einen Bullen tötet.

Das Mithreum wurde Ende des 4. Jahrhunderts aufgegeben und der gesamte Komplex wurde aufgefüllt. Das letztere Gebäude befindet sich östlich des Mithreum und auf einer niedrigeren Ebene. Der Komplex diente vermutlich als Lagerhaus oder aufgrund der in der Zone gefundenen Inschriften als Münzstätte für die Herstellung von Kaisermünzen.

Um die Mitte des dritten Jahrhunderts wurde das erste Stockwerk des Gebäudes abgerissen und durch ein neues Gebäude ersetzt, das mit dem Titulus von Clemens, der von den Quellen zitiert wurde, als Sitz der ersten christlichen Gemeinde in der Zone identifiziert wurde. Im Laufe des vierten Jahrhunderts wurde das Gebäude zum Teil abgerissen, um die frühchristliche Kirche zu bauen, die unterhalb der heutigen Kirche noch sichtbar ist.