Das Kriminologische Museum wurde 1931 vom Justizminister Alfredo Rocco gegründet und war ursprünglich im 17. Jahrhundert im Gebäude der Carceri Nuove (Neue Gefängnisse) in der Via Giulia eingerichtet und wurde 1975 in das benachbarte ehemalige Jugendgefängnis im Palazzo del Gonfalone verlegt.

Es bestand ursprünglich aus drei Abschnitten; Das Museum sollte die wichtigsten Kriminalitätsrelevanten sammeln und den Gelehrten zur Verfügung stellen - von den Folterinstrumenten bis zu den materiellen Beweisen. Daher werden Todesinstrumente, wie die imposanten Guillotinen, und die Folter, wie die mit inneren Dornen ausgestatteten Eisensarkophage und die Käfige, die wie ein menschlicher Körper geformt sind, ausgestellt.

Daneben befinden sich Waffen und Pistolen für berühmte Verbrechen sowie der eigentümliche rote Mantel des legendärsten Henkers in Rom, Mastro Titta. In den neunziger Jahren wurde das Thementrennungssystem durch einen in drei Zeitabschnitte gegliederten historisch-kulturellen Weg ersetzt. Parallel zur Geschichte der Kriminalitätsentwicklung wird auch die Geschichte der Gefängnisanstalt und der Strafvollzugsreform dargestellt.