Las catacumbas de San Calisto son las más conocidas de las catacumbas romanas y el primer sitio oficial de entierro subterráneo para los primeros cristianos, incluidos muchos mártires de los siglos segundo y tercero. Probablemente fue Calixto quien fue el principal responsable de que la Iglesia se convirtiera en el propietario legal de los cementerios. Calixto fue nombrado administrador del cementerio que lleva su nombre por el papa Zephyrinus. En 217 sucedió a Zephyrinus como papa y cinco años más tarde murió.

Las excavaciones han revelado cinco niveles diferentes de loculi, nichos donde los cuerpos, envueltos en sábanas, se colocaron en gradas. Las aberturas a los loculi se cerraron con losas de mármol, pero estas han desaparecido hace mucho tiempo, al igual que cualquier artefacto de valor. Una atracción importante es la cripta papal con los restos de varios papas primitivos martirizados. Cerca, con sus frescos bizantinos, está el Cubículo de Santa Cecilia, cuyo cuerpo fue descubierto aquí por el Papa Pascual I y se trasladó a Santa Cecilia en Trastever. Otros cubículos tienen frescos y símbolos cristianos tallados en las paredes. En la cripta de San Eusebio hay un sarcófago que contiene dos cuerpos momificados.