El complejo arqueológico que se encuentra debajo de la Basílica de San Clemente está situado en el valle que separa la montaña Caelius de la colina Esquilina. Las estructuras actualmente visibles pertenecen a dos edificios. La primera consiste en una casa de al menos dos pisos construida entre el final del primero y el comienzo del segundo siglo dC.

Sucesivamente, entre finales del siglo II y principios del siglo III, la sala central de la casa se transformó en un Mithreum. Las paredes laterales de la sala central del santuario presentan dos bancos largos, donde se encontraba la congregación. El altar para el culto se colocó en la parte trasera de un nicho, donde se representa a Mithra matando a un toro con sus dos ayudantes de antorchas, Cautes y Cautopates.

El Mithreum fue abandonado a fines del siglo IV y se completó todo el complejo. Este último edificio está situado al este del Mithreum y en un nivel inferior. El complejo probablemente sirvió como almacén o, según las inscripciones encontradas en la zona, como una menta para la producción de monedas imperiales.

A mediados del siglo III, el primer piso del edificio fue demolido y reemplazado por una nueva construcción que se identificará con el Título de Clemente citado por las fuentes, sede de la primera comunidad cristiana de la zona. En el transcurso del siglo IV, el edificio fue parcialmente demolido para construir la iglesia cristiana primitiva que aún es visible debajo de la actual.