La colección del museo consta de los objetos más preciosos de la Basílica, también llamada el "Belén de Occidente", como reliquias sagradas, cálices, ostensores y vestimentas litúrgicas.

Los artículos se exhiben en ocho salas y se agrupan según el tema, desde la historia de la Basílica hasta las personas que desempeñaron un papel importante en ella, como Carlo Borromeo o el Papa Pío IX.

Las pinturas incluyen la "Salita al Calvario" de Sodoma y tres obras de Beccafumi: la "Madonna con Bambino", "Sant’Antonio da Padova" y "Santa Caterina".

Otras exhibiciones interesantes son las partituras de música antigua de la Capilla musical y un autógrafo de Pierluigi da Palestrina.