Lors de la phase préparatoire de l'Année paulinienne célébrée entre 2008 et 2009, lors des travaux d'excavation visant à la réalisation de certains services d'accueil des pèlerins, dans la zone sud-ouest, près du jardin de l'abbaye, ils se sont rendus au allumer une série de découvertes archéologiques remontant à la haute époque médiévale. Le bâtiment moderne sus-jacent était achevé, mais dans le sous-sol une "zone de protection" des restes singuliers a été créée; elle n’est mentionnée que sur une plaque conservée près de l’abbaye et datant de l’époque du pape Gregorio Magno (590- 604).

Dans ce document, nous faisons référence à une communauté féminine d'un monastère avec un oratoire dédié à Santo Stefano. Les vestiges d'un portique, des colonnes, un puits et un clocher ont émergé. Des recherches archéologiques plus approfondies ont été menées par les musées du Vatican et l'Institut pontifical d'archéologie chrétienne qui, grâce au soutien financier des mécènes des musées du Vatican, ont mené à bien un projet de restauration et d'installation de musée ouvert au public en préparant visite de la zone de fouille. Le projet a également vu la participation de l'École de spécialisation en patrimoine architectural et paysage de l'Université "Sapienza" de Rome.