Dans les catacombes de San Sebastiano, quatre niveaux ont été creusés. Près des catacombes, la voie Appienne traverse une vallée. Des maisons et des columbarii ont été construits sur ses pentes. Dans le fond de la vallée (appelés "ad catacumbas" maintenant synonyme de cimetière souterrain) ont été érigés trois mausolées qui ont probablement marqué le début du cimetière. Lorsque l’Église est devenue propriétaire du site au 3ème siècle, les mausolées étaient recouverts d’une plate-forme agencée en une cour couverte appelée triclia. Au 4ème siècle, une basilique avec une nef et deux bas-côtés a été construite au-dessus des structures précédentes et entourée de mausolées. C'est ici, près de l'endroit où les apôtres Pierre et Paul étaient vénérés, que saint Sébastien fut enterré. C’était un soldat martyrisé pendant la persécution sous le règne de Dioclétien (284-305). Lorsqu'il a finalement été découvert qu'il était chrétien, en 286, il a été remis aux archers maurétaniens, qui l'ont percé de flèches. il a finalement été tué par les coups d'une massue et son corps a été jeté dans la Cloaca Maxima. Il est apparu miraculeusement à la matrone Irene qui a recueilli son corps et l'a emportée jusqu'aux catacombes portant son nom. Son culte devint si populaire qu'au 5ème siècle une crypte fut creusée autour de sa tombe. La basilique a été modifiée au XIIIe siècle, puis reconstruite au XVIIe siècle pour le cardinal Scipio Borghese. La nouvelle église a été construite au-dessus de la nef de l'ancien bâtiment.

La visite de cette catacombe, avec ses tombeaux païens du IIe siècle et ses chapelles chrétiennes, vous mènera dans un escalier parsemé de morceaux de sarcophages avec des sceaux impériaux. Sous l’église, vous verrez une zone avec trois tombes païennes décorées avec de très jolies fresques et une mosaïque au sol. On croit que des funérailles tant chrétiennes que païennes ont eu lieu dans la chapelle centrale très élaborée, dont la chapelle présente des décorations en acanthe et en stuc à la feuille de lotus. La chapelle des symboles contient des symboles du début du christianisme. Un autre escalier est une salle à manger pour les banquets funéraires. Les graffitis remontent au deuxième siècle.