Le Musée instrumental de l'Académie de Santa Cecilia a été fondé en 1895 sous le nom de Musée instrumental ancien et moderne de l'Académie, dans le but de donner un large aperçu des divers types d'instruments de la tradition musicale cultivée et populaire.

Ses origines remontent au concert historique promu par la Société de musique romaine en mai 1889, au cours duquel des instruments anciens étaient joués. Cinq d'entre eux ont été donnés à l'Académie et sont exposés au musée.

En 1900, la collection comptait 77 instruments, achetés en partie par l'Académie, donnés en partie par des antiquaires et des collectionneurs. En 1926, la collection de luths et de mandolines de la reine Marguerite de Savoie, composée de 26 spécimens des écoles napolitaines et milanaises, fut donnée au Musée.

Un autre nombre remarquable de spécimens provenait des concours nationaux sur l'art de faire du luth (1952-1956) promus par l'Académie et de la donation en 1962 du violoniste Gioacchino Pasqualini. Actuellement, seule une partie des 260 instruments de la collection est exposée dans des vitrines.

Le spécimen le plus important et le plus connu est le violon Stradivari appelé "Il Toscano" du Quatuor Medicean acheté en 1953 par l’État italien pour l’académie. Les spécimens de luths archés datant du seizième siècle et l'épinette flamande de 1623 sont précieux.

Les 80 spécimens de la section ethnographique provenant d'Italie centrale et méridionale, d'Europe continentale, d'Afrique centrale, du Moyen-Orient et d'Extrême-Orient présentent un intérêt particulier.