La porte se trouve sur ce qui était autrefois la limite sud de la "ville léonine", c'est-à-dire la zone entourée par les murs construits par le pape Léon IV pour se défendre contre les Sarrasins qui avaient saccagé Rome en 845 après JC

Les murs ont une circonférence d'environ 3 kilomètres. La porte Santo Spirito a été construite par Antonio Sangallo le Jeune en 1543 puis encadrée par des remparts en 1564 sur ordre du pape Pie IV Médicis.

Les colonnes se terminent brusquement dans une structure en béton moderne. Le plan de Sangallo visant à créer une entrée monumentale au Vatican n’a jamais été achevé.