Het archeologische complex dat onder de basiliek van San Clemente ligt, ligt in de vallei die de Caelius -berg scheidt van de Esquiline Hill.De momenteel zichtbare structuren behoren tot twee gebouwen.De eerste bestaat uit een huis van ten minste twee verdiepingen gebouwd tussen het einde van het eerste en het begin van de tweede eeuw na Christus.

Achtereenvolgens tussen het einde van de tweede en het begin van de derde eeuw werd de centrale kamer van het huis omgezet in een Mithreum.De zijwanden van de centrale kamer van het heiligdom hebben twee lange banken, waar de gemeente zat.Het altaar voor de cultus werd aan de achterkant van een niche geplaatst, waar Mithra wordt afgebeeld om een ​​stier te doden met zijn twee assistent-fakkelhouders, cautes en cautopates.

Het Mithreum werd verlaten aan het einde van de vierde eeuw en het hele complex was ingevuld. Het laatste gebouw ligt ten oosten van het Mithreum en op een lager niveau.Het complex diende waarschijnlijk als een opslagplaats of, gebaseerd op inscripties in de zone, als een munt voor de productie van keizerlijke munten.

Rond het midden van de derde eeuw werd de eerste verdieping van het gebouw gesloopt en vervangen door een nieuwe constructie die moet worden geïdentificeerd met de titulus van Clement geciteerd door de bronnen, zetel van de eerste christelijke gemeenschap in de zone.In de loop van de vierde eeuw werd het gebouw gedeeltelijk gesloopt om de vroege christelijke kerk te bouwen die nog steeds zichtbaar is onder de huidige.