Katakumby San Callisto są najbardziej znanymi katakumbami rzymskimi i pierwszym oficjalnym podziemnym miejscem pochówku pierwszych chrześcijan, w tym wielu męczenników z drugiego i trzeciego wieku. Prawdopodobnie Calixtus był odpowiedzialny głównie za to, że Kościół stał się prawnym właścicielem cmentarzy. Calixtus został mianowany administratorem cmentarza, którego imię nosi papież Zephyrinus. W 217 roku zastąpił Zephyrinusa jako papieża, a pięć lat później zmarł.

Wykopaliska ujawniły pięć różnych poziomów loculi, nisz, w których ciała, owinięte w prześcieradła, zostały umieszczone na poziomach. Otwory w loculi zostały zamknięte płytami z marmuru, ale już dawno zniknęły, podobnie jak wszelkie artefakty wartości. Główną atrakcją jest krypta papieska ze szczątkami kilku męczenników wczesnych papieży. W pobliżu, z bizantyjskimi freskami, znajduje się Cubiculum św. Cecylii, którego ciało odkrył tutaj papież Paschał I i przeniósł się do Santa Cecilia w Trastever. Inne boksy mają na ścianach freski i symbole chrześcijańskie. W krypcie św. Euzebiusza znajduje się sarkofag zawierający dwa zmumifikowane ciała.