Wewnątrz Katakumb San Sebastiano wydobyto cztery poziomy. W pobliżu katakumb droga Appia przechodzi przez dolinę. Na jego zboczach zbudowano domy i columbarii. W dolinie doliny (zwanej „ad catacumbas”, obecnie synonimem podziemnego cmentarza) wzniesiono trzy mauzolea, które prawdopodobnie oznaczały początek cmentarza. Kiedy kościół stał się właścicielem terenu w III wieku, mauzolea zostały przykryte platformą ustawioną jako zadaszony dziedziniec zwany triclia. W IV wieku bazylika z nawą i dwoma nawami została zbudowana nad wcześniejszymi budowlami i otoczona mauzoleami. To tutaj, w pobliżu miejsca, gdzie czczono Apostołów Piotra i Pawła, został pochowany św. Sebastian. Był żołnierzem męczennikiem podczas prześladowań w czasach panowania Dioklecjana (284-305). Kiedy w 286 r. Został w końcu odkryty jako chrześcijanin, przekazano go mauretańskim łucznikom, którzy przebili go strzałami; został ostatecznie zabity przez ciosy klubu, a jego ciało zostało wrzucone do Cloaca Maxima. W cudowny sposób ukazał się opiekunce Irene, która zebrała jego ciało i zaniosła do katakumb, które noszą jego imię. Jego kult stał się tak popularny, że w V wieku wokół jego grobowca wydobyto kryptę. Bazylika została zmieniona w XIII wieku, a następnie przebudowana w XVII wieku dla kardynała Scipio Borghese. Nowy kościół został zbudowany nad nawą poprzedniego budynku.

Zwiedzanie tego katakumb, w którym znajdują się pogańskie groby z II wieku wraz z chrześcijańskimi kaplicami, zabierze Cię w dół schodami wysadzanymi kawałkami sarkofagów z cesarskimi pieczęciami. Pod kościołem zobaczysz obszar z trzema dekorowanymi pogańskimi grobowcami z bardzo atrakcyjnymi freskami i mozaiką podłogową. Uważa się, że pogrzeb pogrzebowy zarówno chrześcijański, jak i pogański odbywał się w wyszukanej centralnej kaplicy, której sklepienie ma dekoracje z akantu i liści lotosu. W kaplicy symboli wyryto wczesnochrześcijańskie symbole. Kolejne schody to jadalnia na bankiety pogrzebowe. Graffiti pochodzi z drugiego wieku.