Kompleks archeologiczny leżący pod Bazyliką San Clemente znajduje się w dolinie, która oddziela Górę Caelius od Wzgórza Eskwilinowego. Obecnie widoczne struktury należą do dwóch budynków. Pierwszy składa się z domu o co najmniej dwóch kondygnacjach, zbudowanego między końcem pierwszego a początkiem drugiego wieku naszej ery.

Sukcesywnie między końcem drugiego a początkiem trzeciego wieku centralny pokój domu przekształcono w mitreum. Boczne ściany centralnego pomieszczenia sanktuarium stanowią dwie długie ławki, na których siedział zbór. Ołtarz kultu został umieszczony na tyłach niszy, gdzie przedstawiona jest Mitra, zabijając byka dwoma asystentami pochodni, Cautes i Cautopates.

Mithreum zostało opuszczone pod koniec IV wieku i cały kompleks został wypełniony. Ten ostatni budynek znajduje się na wschód od Mithreum i na niższym poziomie. Kompleks prawdopodobnie służył jako magazyn lub, na podstawie napisów znalezionych w strefie, jako mennica do produkcji monet cesarskich.

Mniej więcej w połowie trzeciego wieku rozebrano pierwsze piętro budynku i zastąpiono je nową konstrukcją, która ma być identyfikowana z Titulusem Klemensa cytowanym przez źródła, siedzibą pierwszej wspólnoty chrześcijańskiej w strefie. W czwartym wieku budynek został częściowo zburzony, aby zbudować wczesnochrześcijański kościół, który jest nadal widoczny pod obecnym.