Muzeum Instrumental Academy of Santa Cecilia zostało założone w 1895 roku pod nazwą Ancient and Modern Instrumental Museum of the Academy, w celu zaoferowania szerokiego przeglądu różnych rodzajów instrumentów kultury i popularnej tradycji muzycznej.

Jego początki sięgają historycznego koncertu promowanego przez Rzymskie Towarzystwo Muzyczne w maju 1889 r., podczas którego grano dawne instrumenty. Pięć z nich przekazano Akademii i są eksponowane w Muzeum.

W 1900 roku kolekcja liczyła 77 instrumentów, częściowo zakupionych przez Akademię, częściowo podarowanych przez antykwariuszy i kolekcjonerów. W 1926 r. Do Muzeum przekazano kolekcję lutni i mandoli królowej Margherity z Savoy, składającą się z 26 okazów szkół neapolitańskich i mediolańskich.

Kolejna widoczna liczba okazów pochodziła z Ogólnopolskich Konkursów na Sztukę Robienia Lutów (1952-56) promowanych przez Akademię oraz z darowizny z 1962 roku przez skrzypka Gioacchino Pasqualiniego. Obecnie tylko część z 260 instrumentów kolekcji jest eksponowana w gablotach.

Najważniejszym i najbardziej znanym okazem jest skrzypce Stradivari o nazwie „Il Toscano” Kwartetu Medicean zakupione w 1953 roku przez państwo włoskie dla Akademii. Okazy łukowatych lutni z XVI wieku i flamandzki spinet z 1623 roku są cenne.

80 okazów sekcji etnograficznej pochodzących z środkowych i południowych Włoch, Europy kontynentalnej, Afryki Środkowej, Bliskiego Wschodu i Dalekiego Wschodu jest szczególnie interesujących.