Pierwszym trzonem Muzeów i Galerii Watykańskich była kolekcja starożytnych rzeźb stworzonych przez Julesa Drugiego (1503-13). Pomysł Muzeum został opracowany przez Clementa Trzynastego (1758-69), który założył Muzeum Profane z pomocą Winckelmanna. Clementine Pious Museum zostało utworzone przez Clementa XIV (1769-74) i Pious the Sixth (1775-99), a Muzeum Chiaramonti zostało założone przez Canovę w latach 1807-1810 w ramach Pious the Seventh. W 1822 r. Otwarto Nowe Skrzydło. Etruskie Muzeum Gregoriańskie zostało otwarte w 1837 r., A Gregoriańskie Muzeum Egipskie w 1839 r., Muzeum Profane Laterańskie (obecnie Gregoriańskie Muzeum profanacji) w 1844 r. I kolejno Pious Christian Museum, wszystko za Gregory'ego XVI. W pierwszych dziesięcioleciach XX wieku utworzono Muzeum Misjonarzy Etnologicznych i udostępniono publiczności galerię obrazów. W 1973 roku Paweł Szósty inauguruje Muzeum Historyczne i kolekcję nowoczesnej sztuki religijnej.

Clementine Pious Museum - gromadzi okazy starożytnych rzeźb, takich jak Apollo Belvedere (130-140 ne), Laocoon Group (pierwszy wiek ne), Apollo Sauroktonos i Venus Cnydia, kolosalna głowa Jowisza. Szczególnie interesujące są dwa porfirowe sarkofagi Konstancji i św. Heleny, odpowiednio córka i matka Konstantyna.

Muzeum Chiaramonti - mieści kilka rzymskich rzeźb, takich jak pomnik Ganimedesa, kolosalna głowa Ateny, portret Tyberiusza, relief z trzema łaskami (pierwszy wiek naszej ery) ). Wiele pogańskich i chrześcijańskich inskrypcji jest wystawionych w Galleria Lapidaria, a posągi takie jak Zraniona Amazonka, Włócznik, olbrzymi posąg Nilu i August z Prima Porta są eksponowane w Nowym Skrzydle.

Etruskie Muzeum Gregoriańskie - zawiera kilka odkryć pochodzących głównie z XIX-wiecznych wykopalisk wykonanych w południowej Etrurii, takich jak trumna grobowca Regolini-Galassi. Wystawa obejmuje sarkofagi i bogatą kolekcję waz greckich, italiot i etruskich. Szczególnie interesująca jest dwujęzyczna stela grobowa Todi z podwójnym napisem Latinand w języku galijskim (II wiek pne).

Egipskie muzeum gregoriańskie - zostało wymyślone przez ojca Ungarelli, jednego z pierwszych egiptologów włoskich, i gromadzi serię posągów przedstawiających bóstwa lub osobowości rodziny królewskiej, takich jak matka i siostra Ramzesa II, sarkofagi, mumie i elementy wyposażenia pogrzebowego. Zrekonstruowano również dekorację posągów w serapeum w Villa Adriana w Tivoli.

Profane Gregoriańskie Muzeum - prezentuje greckie i rzymskie rzeźby, takie jak trzy fragmenty Partenonu w Atenach, Głowa Ateny (460 pne), Ołtarz Vicomagistri (pierwszy wiek) AD) i dwie wielkie płaskorzeźby przedstawiające przyjazd Rzymian Wespazjanina i odejście Domicjana. Obejmuje ona także sarkofagi ozdobione mitologicznymi przedmiotami, a grupa Atena i Marsia wyróżnia się na tle brązowych kopii.

Christian Pious Museum - gromadzi materiały pochodzące z wykopalisk rzymskich katakumb, kilku sarkofagów (trzeci piąty wiek), z których jeden jest kopią sarkofagu Juniusza Bassus i posąg Dobrego Pasterza (III wiek ne).

Ethnological Missionary Museum - dokumentuje wydarzenia religijne i kulty innych kontynentów. Szczególne znaczenie mają XV-wieczne rzeźby azteckie, indyjskie rzeźby hinduistycznych bogów, rytualne maski z Oceanii i Afryki.

Kolekcja nowoczesnej sztuki religijnej - częściowo ustawiona w pokojach apartamentu Borgia, zdobiona przez Pinturicchio, eksponuje prace Rosai, Boccioni, Balla, De Chirico, Guttuso i Manzù.

Górne galerie - Galeria Kandelabrów gromadzi materiały archeologiczne epoki rzymskiej, takie jak grupa rzeźb Ganimedesa i Orła (II wiek ne) oraz posąg Artemidy. Galeria Gobelinów przedstawia gobeliny z XVI-wiecznej flamandzkiej i XVII-wiecznej rzymskiej manufaktury. Galeria Map Geograficznych prezentuje 40 paneli poświęconych terytorium Włoch z lat 1580-83.

Muzeum Biblioteki Watykańskiej - Jest gospodarzem kilku świadectw sztuki sakralnej: Sali ślubu Aldobrandini z freskami z epoki rzymskiej, Sali Papirusów ze złoconymi szkłami wczesnego wieku chrześcijańskiego , Sala Sykstyńska z freskami Cesare Nebbia i innymi artystami, Pauline Halls, Alexandrine Hall i Clementine Gallery ze szkicami Berniniego