Pierwsze antykwarium na Palatynie powstało w drugiej połowie XIX wieku w budynku obok Domus Tiberiana. Zachował materiał pochodzący z wykopalisk zleconych przez Napoleona Trzeciego. Gdy budynek został rozebrany w 1882 r., Materiał przeniesiono do kompleksu Term termalnych Dioklecjana.

W latach trzydziestych Alfonso Bartoli, który przeprowadził udane wykopaliska w Domus Augustana, założył obecne Antykwarium na Palatynie, dostosowując wcześniej istniejący klasztor Sióstr Nawiedzenia.

Materiały z Term termalnych Dioklecjana oraz z ostatnich wykopalisk na Palatynie przeniesiono do tej nowej lokalizacji. W momencie wybuchu II wojny światowej znaczna część odkryć została przeniesiona do magazynów Urzędu Nadzoru Finansowego na Piazza delle Finanze ze względów bezpieczeństwa.

Pod koniec wojny postanowiono pozostawić materiały o wysokiej wartości artystycznej w Narodowym Muzeum Rzymskim i przenieść te bardziej ściśle związane z miejscem i jego zabytkami do Antiquarium on the Palatine .

Obecnie Antiquarium eksponuje materiały z epoki protohistorycznej, pochodzące z wioski chatki w Germalo, reprodukowane za pomocą plastikowego modelu; laboratoria kamieni znalezione w pobliżu świątyń Magna Mater, Victory i Apollo; materiał rzeźbiarski (posągi, stolice i fragmenty dekoracji architektonicznych) pochodzące z Pałaców Cesarskich; część malarskiej dekoracji Nero’s Domus Transitoria.

Słynny jest bluźnierczy graffito z Pedagogio przedstawiający krucyfiks z głową osła. Na koniec freski Aula Isiaca są eksponowane w sąsiednim pokoju Domus Augustana, który zachowuje również część XVI-wiecznych dekoracji Loggetta Mattei.