Det arkeologiska komplexet som ligger under basilikan San Clemente ligger i dalen som skiljer Caelius -berget från Esquiline Hill.De för närvarande synliga strukturerna tillhör två byggnader.Den förstnämnda består av ett hus med minst två våningar som byggdes mellan slutet av det första och början av andra århundradet e.Kr.

Successivt mellan slutet av den andra och början av det tredje århundradet omvandlades husets centrala rum till en Mithreum.Sidväggarna i det centrala rummet i helgedomen presenterade två långa bänkar, där församlingen satt.Altaret för kulten placerades på baksidan av en nisch, där Mithra avbildas och dödade en tjur med sina två assistentfackla-innehavare, cautes och cautopates.

Mithreum övergavs i slutet av det fjärde århundradet och hela komplexet fylldes i. Den senare byggnaden ligger öster om Mithreum och på en lägre nivå.Komplexet fungerade troligen som ett lagerhus eller, baserat på inskriptioner som finns i zonen, som en mynta för produktion av imperialistiska mynt.

Runt mitten av det tredje århundradet revs första våningen i byggnaden och ersattes av en ny konstruktion för att identifieras med titulus av Clement som citerades av källorna, platsen för det första kristna samhället i zonen.Under det fjärde århundradet revs byggnaden delvis för att bygga den tidiga kristna kyrkan som fortfarande är synlig under den nuvarande.